ChemSketch, programa fácil de utilizar, que docentes y estudiantes pueden descargar gratuitamente de Internet y emplear para construir ecuaciones químicas, estructuras moleculares y diagramas de laboratorio. Muy adecuado para poder crear, en forma sencilla, moléculas de compuestos orgánicos; experimentar con algunos instrumentos de laboratorio; resolver ejercicios; visualizar u ocultar enlaces; y manipular estructuras de Newman escalonadas y eclipsadas. Funciona en "Modo Estructura" (Structure Mode) para dibujar estructuras químicas y calcular sus propiedades, y en "Modo Dibujo" (Draw Mode) para texto y procesamiento de gráficos. Su única desventaja es que solo está disponible en inglés. Para descargar el programa es necesario registrarse (gratuitamente). Ver el artículo "Sorpréndase utilizando ChemSketch"

Programa para representación gráfica tanto de moléculas grandes (proteínas y ácidos nucleicos) como moléculas pequeñas. Es una herramienta educativa poderosa que permite visualizar imágenes "imposibles" de dibujar en el tablero por ser muy complejas, tales como estructuras de ADN y de proteínas. El programa se diseñó para presentar las moléculas en varias formas (barras de enlace, barras y esferas, modelo compacto, etc). Con este programa se pueden ver, rotar y animar moléculas y cristales. Admite los formatos moleculares más extendidos: pdb, mol, mdl y xyz; esto amplía las posibilidades de obtener moléculas listas para visualizar, en bancos enormes disponibles en Internet. Ver el artículo "Lo invitamos a ver las moléculas".

Módulo de programa (plug in) gratuito, que permite manipular representaciones tridimensionales en el navegador Internet Explorer. Al instalar este software no se genera un nuevo icono de programa, la instalación habilita al navegador para trabajar con archivos de moléculas en formato PDB. Funciona de manera similar al programa "RasMol" y es muy útil para docentes que necesitan explicar a sus estudiantes, moléculas complejas. Las opciones se encuentran en un menú emergente (pop up) al cual se puede acceder haciendo clic derecho en la imagen (PC) o en el logo MDL (Mac). En este menú se puede cambiar la forma de visualización de la molécula y el color, activar o desactivar la rotación, rotular los átomos, y guardar el archivo en el disco duro. Para descargar el programa es necesario registrarse (gratuitamente). Ver el artículo http://www.eduteka.org/RasMol.php "Lo invitamos a ver las moléculas".

Programa gratuito derivado de RasMol y basado en el "plug-in" Chime para Netscape. Permite, de manera simple, investigar la estructura de macromoléculas y su relación con la función que cumplen; visualizar en tres dimensiones estructuras de proteinas, el ADN y las macromoléculas; y visualizar las interacciones y enlaces. Su traducción al español fue realizada por el profesor Gabriel Pons, de la Universidad de Barcelona (España). Solo funciona con la versión 4.7 del navegador Netscape; además, se debe instalar previamente el "plug-in" Chime.

Visualizador de estructuras tridimensionales muy fácil de utilizar; ideal para exponer temas como la hibridación, que tiene inconvenientes cuando se intenta representar en un tablero bidimensional, moléculas tridimensionales de compuestos orgánicos. Entre sus ventajas tenemos: la rotación de las moléculas que facilita su visualización desde diferentes ángulos; los tipos de enlaces se indican con distintos colores lo que ayuda al estudiante a identificar estéreo isómeros. Además, este programa puede ser utilizado por los estudiantes para contestar las preguntas que se plantean (en inglés) o por los docentes, con el apoyo de un video proyector, para explicar el tema de los isómeros espaciales (eclipsadas y escalonadas). La instalación es muy sencilla, se realiza en solo dos pasos.